La Basilica della "Madonna d'Andria" si impone per la ricchezza dei suoi altari marmorei, opara di valenti artisti e commissionati nell'epoca d'oro del barocco napoletano.
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La chiesa conserva ancora oggi, nonostante le numerose spoliazioni subite, sei altari in marmo di ottima fattura, posizionati nelle cappelle di S. Benedetto e del Crocifisso e quattro localizzati a coppie nelle due navate laterali della suddetta chiesa (questi ultimi attribuiti al Bastelli).

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L’altare del cappellone del Crocifisso è in marmi policromi che vanno dall’alabastrino allo statuario ed ai marmi mischi rossi e gialli; esso presenta nel paliotto un motivo a volute spezzate in rilievo che si conclude nel medaglione ovale centrale. Sul postergale e sui cantonali è ripreso, con la tecnica del commesso marmoreo, il motivo a volute del paliotto. Il tabernacolo, fulcro della composizione, è sormontato da tre teste di cherubini ed i capialtare terminano con due putti alati in marmo bianco. Il suo gemello, nel Cappellone di S. Benedetto della navata di destra, è composto con gli stessi marmi. Il paliotto è decorato da un motivo a volute in rilievo che culmina nel medaglione centrale. Ma il postergale a doppio gradino ed il tabernacolo, circondato lateralmente da due volute, è sormontato sempre da tre teste di cherubino. I capialtare sono arricchiti da due cherubini alati di marmo bianco, mentre ai lati dei pilastrini due volute fasciate completano la decorazione d’insieme.

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Sui due altari nei cappelloni di Domenico Antonio Troccoli vi sono poi due tele col Crocifisso e con S. Bendetto che dà la regola generalmente attribuite al pittore napoletano Alessio D’Elia, probabilmente del 1755.

Tale anno potrebbe considerarsi un termine per datare anche i rimanenti quattro altari delle navate laterali della chiesa di S. Maria dei Miracoli. Ma questa data potrebbe far pensare anche ad un periodo di ripresa dell’attività di completamento della chiesa; questo perché le stesse balaustre di marmo bianco delle scalinate che conducono alla chiesa inferiore, portano inciso l’anno 1757. Anche nella zona presbiteriale è ubicata una balaustra anch’essa di marmo bianco (realizzata presumibilmente in questi stessi anni), realizzata in sintonia cromatica col bianco marmoreo dell’altare maggiore di Ferdinando de Ferdinando, del 1720.

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A parte l’imponente altare policromo del presbiterio che fa da sfondo alla navata centrale, ricordiamo i due altari delle cappelle laterali delle navate, opera elegante e sobria nella sua composizione di linee e marmi di Domenico Antonio Troccoli e i quattro altari situati sempre nelle due navate laterali in altrettante rientranze.

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Queste precise raffinatezze, questo trionfo dell’ornato e questa ricchezza dei marmi e la fluidità delle linee (a parte, però, la policromia), si ritrovano analoghe in altri altari napoletani di un grandissimo marmoraro settecentesco, Giuseppe Bastelli a cui appunto sono stati attribuiti gli altari di Andria.

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In sincronia con i due altari del Troccoli nasceva anche il pavimento maiolicato con ricorrente tema ornamentale formato da quattro riggiole a cellula dipendente, secondo uno schema molto diffuso nelle decorazioni pavimentali napoletane del Settecento.

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La balaustra della chiesa di S. Maria dei Miracoli è sempre di un ignoto marmoraro di Napoli, ed è in marmo scolpito. Essa è caratterizzata inoltre da un ripiano di appoggio lavorato a commesso ad intarsi marmorei giallo-ocra. I pilastrini sono decorati da una mensola in rilievo con volute stilizzate, mentre il motivo centrale è costituito da un gioco di volute affrontate, arricchite di ornamenti vegetali. All’interno della transenna sul retro è incisa la data 1757. Questa, identica a quella del presbiterio, è posteriore di qualche anno all’altare maggiore (oggi smembrato e sostituito con un altro proveniente dalla distrutta chiesa delle Benedettine di Andria) con cui, però, costituisce parte integrante, realizzata in sintonia col bianco marmoreo dell’altare maggiore secondo un preciso disegno di effetto coloristico e formale.

Il pavimento maiolicato della zona presbiteriale in S. Maria dei Miracoli ad Andria, risale al sec. XVIII e fu eseguito da maestranze napoletane. La maiolica presenta degli ornati di colore azzurro, verde ed ocra su fondo bianco e pertanto risulta più sobria da un punto di vista formale e coloristico rispetto al pavimento del cappellone di S. Benedetto sempre nella medesima chiesa. Anche la trama e il disegno variano: nel cappellone sono più fitti, mentre nel presbiterio la maiolica, ottenuta da terracotta invetriata e dipinta, è composta da una cellula quadripartita decorata con motivi geometrici a reticella, con campanule, bacche ed altri motivi vegetali stilizzati.

È probabile che la sistemazione di questo pavimento risalga allo stesso periodo in cui furono collocati i pavimenti del cappellone di S. Benedetto e del Crocifisso, quando ci furono nella chiesa numerosi interventi di ristrutturazione.

Il motivo decorativo rimanda alla produzione del primo Settecento che si rifà ad uno schema analogo molto diffuso, anche se esemplato su modelli diffusi della seconda metà del Seicento.