La novella Amministrazione, abbenchè stabilita sopra savii regolamenti, non essendovi leggi che non conculca la cupidigia, non la potè durare in piedi oltre a tre anni, a cagione degli abusi introdotti sulle oblazioni. Il Duca di Andria Federico II. Carafa e terzo di tal dignità nella sua stirpe, informato bene di tutto ciò ne conferì con Monsignor de Flisco, il quale era anche dolorato nel vedere negligentate le regole di fondazione, ed insieme convennero doversi dismettere questa Congregazione di Secolari, e sostituirvene una di Regolari, e propriamente dell’Ordine di S. Benedetto. Stabilito un punto di tanta importanza, che nel tempo stesso sarebbe stato per riuscire nel suo eseguimento di sommo vantaggio pel Santuario e di gran decoro per la Città, lo stesso Duca mosse a bella posta per la Capitale a causa di conferirne col Rev. Abate del Monastero Cassinese di S. Severino D. Pierpaolo de Sinesio suo amicissimo; e poichè per ventura vi trovò riuniti i Visitatori dell’Ordine che diede comodo di formare subito un pieno Consiglio, in pochi giorni portò il negozio al punto desiderato.

Tornatosi il Duca pieno di gioia in Andria sul finire dell’anno 1579 convocò nel suo Palazzo una generale assemblea, ove convennero il Vescovo coi rappresentanti del Clero, Lui col suo Consiglio, l’Abate Sinesio ed altri personaggi degni di un tale congresso. Trattandosi ivi ponderatamente l’affare fu determinato, che il Santuario sarebbe passato sotto il pieno potere della Benedettina Famiglia, e che questa secondo il voto universale vi si sarebbe stabilita nei godimenti di tutti i privilegii soliti a godersi dalle altre Case di quest’Ordine. Essendo stato tutto felicemente conchiuso, e confermato con atto pubblico, ne fu dato parte al Sommo Pontefice Gregorio XIII. a fine di ottenersi la sua suprema approvazione. II Santo Padre, conoscendo tutti i vantaggi che sarebbero risultati dal sapiente partito, tanto per la gloria della Vergine che pel bene delle Anime, col Breve: Cathedram praeeminentiae pastoralis ne diede la sua pienissima approvazione nel Gennaio 1580, e poiché la Badia novella che ergevasi non aveva un nome proprio da intitolarsi, l’assunse dalla gran copia dei Prodigii che la Madre di Dio operava con la sua Immagine nella Santa Grotta, ed ordinò che detta Immagine s’invocasse S. Maria dei Miracoli di Andria, e che il Monastero prendesse il nome di sua Titolare gloriosissima.

Non mancarono peraltro de’ malcontenti a disapprovare un opera di tanta pietà e di tanto decoro. Sulle prime il voto particolare dovè soggiacere al voto pubblico; poscia le ripetute dicerie presentate sotto l’aspetto d’interesse comune giunsero in breve a mutare in guisa l’animo del popolo, che successero aperte contradizioni tra questo, i Capi della Città, ed i Religiosi. In generale successe il più alto rincrescimento per la perdita del dominio del Santuario, ne’ cui impieghi molti vivevano, e tutti coloro che si videro privi del consueto maneggio, erano restati addolorati. I lamenti e gl’intrighi furono spinti fino ad impetrare dal Sommo Pontefice l’annullamento di sua ordinazione. Il Padre dei Fedeli nell’alta sua prudenza delegò in suo nome l’Arcivescovo di Trani per esaminare le differenze e conchiudere la pace, e di fatto la pace si conchiuse volgendo il 1584. mercè un nuovo trattato tra i PP. Benedettini e gli andriesi, approvato egualmente con novello breve dallo stesso Papa, l’affetto tra le parti si rinnovò ancor più fervido di prima. Il Padre della discordia era stato certamente l’autore di questi scandalosi contrasti. Ma se restò egli confuso anche in questo tentativo contro del Santuario, non si tenne umiliato in modo da credersi conquiso. Le sue novelle insidie furibonde si vedranno ne’ due capitoli seguenti.

Intanto convien notare, che la nuova Abazia stabilita e consolidata andò da giorno in giorno acquistando nuove possessioni e nuove ricchezze largheggiate ad essa dalla pietà dei Fedeli. Fatta amministratrice di molti beni, mostrò subito agli Andriesi ed al Mondo, quanto falsa era la loro opinione nel credersi di avere molto perduto col perdere l’enunciato possesso, facendo conoscere qual diversità intercede tra le ricchezze poste in mano di Comunità regolari, e quelle date al potere di secolari deputazioni, le quali vengono d’ordinario a mancare alle loro istituzioni, o per inesattezza nei proprii doveri, o per conversione del bene pubblico in privato interesse.

Quei buoni Padri, eredi ed emuli dello spirito di distaccamento col quale i loro antichi Patriarchi edificarono e stupirono il Mondo, si adoperavano con altrettanto zelo apostolico pei bisogni spirituali dei prossimi che per le loro temporali necessità, e ripartivano proporzionatamente le sostanze loro affidate alle Vedove, agli Orfani, ed ai bisognosi di ogni genere. Gli abitanti miserabili di quella Città fino ai dì nostri versano lagrime di dolore alla memoria della grande carità di quegli Evangelici Benefattori, tra l’altre cose narrando, che nel cuor dell’inverno, quando i tempi più crudi non permettevano ai poverelli di condursi fino al Monastero senza grave incomodo che ad essi poteva cagionarsi dal freddo, i Padri, spedivano fino in Città i loro Conversi con interi carri di pane e ligumi a fine di diffamarli negli stessi loro tugurii. Essi vestivano ignudi, dotavano Vergini, sostenevano pellegrini, e facevano quanto bene potevasi da essi sperare.

Rapporto poi allo splendore del culto, all’amministrazione de’ Sacramenti e della divina parola, ed al tutto l’altro che si riguarda a chiesastiche funzioni, gli è inesprimibile il dire a qual grado giugnessero. Per averne idea, converrebbe frequentare le Chiese soggette alla direzione sapiente de’ Religiosi di quest’ Ordine fervoroso. Finalmente rapporto alla celebrità del Santuario, opera tutta del braccio taumaturgico di Maria, sappiamo essere giunta a tanto, da divenire l’oggetto delle peregrinazioni fin da più lontani paesi, nel modo stesso che lo erano la Grotta dell’Arcangelo S. Michele nel Gargano, il sepolcro di S. Nicola in Bari, la Incoronata di Foggia ec. anzi, quegli stessi pellegrini che a queste altre visite eran diretti, credevan quasi di non adempire pienamente ai loro voti, se non visitavano la S. Vergine nella sua prediletta Grotta di Andria, lo chè si pratica generalmente anche oggidì.