La Cripta sottostante non nacque con la Cattedrale, ma è premillenaria e con certezza si può dire che la precedette di secoli (non anteriore al VII-X secolo).
Essa non fu per fortuna abbattuta quando anche Andria normanna, costruendo la sua Cattedrale, si inseriva in quel complesso moto di cultura rappresentato dal Romanico. E la Cattedrale, eretta sulla originaria chiesetta, trova in questa Cripta il legame antico con la sua fede religiosa.

E sul pilastro più antico di questa chiesetta a due navate sopravvive ancora, in un affresco superstite, dominante il rozzo lastrone dell'altare, una figura di Cristo: in piedi, benedicente con gesto greco, severo nel pallio scuro lumeggiato di azzurro, a cui contrasta il verde della tunica che indossa, schiarita dal bianco.

Sul Libro aperto, che il Cristo sostiene con la mano sinistra, si legge: LUX EGO SUM MUNDI. A cui seguono le lettere: N I T P
Queste tre lettere si possono, in parte, decifrare ancora, incorporate nell'intonaco dell'affresco: ma non più così agevolmente come, invece, le lessero pubblicandole - ma senza spiegarle - l'archeologo tedesco (1905) e un dotto andriese nel 1907, ai quali esse sembrarono un enigma; che oggi possiamo risolvere così:

Le parole del Libro, dunque, ci dicono:

che sono una sintesi, con alcune abbreviazioni, di quello che il Cristo dice nel vangelo di Giovanni 8, 12:

"Io sono la luce del mondo; chi segue me non cammina nelle tenebre"
(in lingua latina: Ego sum lux mundi; qui sequitur me Non ambulat In Ténebris).

Chi ha letto, nel passato, queste parole del Libro nella Cripta illuminata dalla luce del sole lo ha fatto, necessariamente, rivolto a Oriente, perché è a Levante ch'è rivolto l'asse della Cripta, verso il sole che sorge: il sole, anzi, la illuminava - al suo sorgere - da due finestre aperte nell'abside: e, per il lettore, era come guardare due luci:
la luce del sole e la LUCE DEL MONDO, ch'è Cristo e avendo alle spalle una Madonna in trono, con il Bambino, effigiata in un affresco ora scomparso, proprio di rimpetto alla figura del Cristo e che ora non c'è più (ma che non sfuggì all'archeologo germanico).