Di questa antica Chiesa abbiamo pur fatto menzione, laddove parlammo del Vescovo Bassi, (1597 - 1603) sotto il di cui vescovado fu scoperta la prodigiosa Immagine della Vergine, dipinta sul muro di una cisterna. Quella Immagine par che sia della medesima epoca dei Basiliani, e si appartiene all’arte bizantina, come lo stile ci apprende. Quella cisterna anticamente doveva essere una delle celle, o laure incavate nel muro, al solito dei Basiliani, che celavansi nelle caverne, per sottrarsi alla persecuzione degl’Iconoclasti. E quella Immagine, anticamente, forse si apparteneva alla Chiesa di S. Sofia, che trovavasi in quei pressi.

Prosciugata quella cisterna (dopo il famoso prodigio della fanciulla, rimasta illesa per tre giorni nell’acqua), il Vescovo Bassi fece ridurre quella caverna a forma di Cappella, dove scendevasi per numerosi gradini, e vi fece costruire pure un altare, dedicato alla Vergine di Altomare. Quella Cappella fu tenuta allora in grande venerazione dagli Andriesi. Ma nel 1656, colpita Andria dalla peste, quella Cappella fu adibita a raccogliere i cadaveri dei morti di peste, non essendo sufficienti gli altri locali destinati a tale scopo (morirono in quell’anno diecimila andriesi ! ...)

Fu allora che si andò perdendo la devozione alla Madonna dell’Altomare. Se non che, nel 1690, i Padri Carmelitani, nel gettare le fondamenta della lor Chiesa, attigua alla Cappella dell’Altomare, fecero estrarre i cadaveri degli appestati, e ritornarono al culto quella Cripta.

Soppressi i Carmelitani, nel 1806, il Capitolo Cattedrale prese cura della Cappella dell’Altomare, destinandovi un Cappellano dal suo gremio.

Nel 1866 fu eletto Cappellano il Canonico della Cattedrale D. Giuseppe Marziani, che fungeva pure da Rettore del Seminario Diocesano, attiguo a detta Cappella. Il Marziani, animato dalla devozione alla Vergine, e coadiuvato dall’opera benefica di pii cittadini, si fece iniziatore di un nuovo tempio, al quale, dopo parecchi anni, fu messo mano all’opera. I lavori furono iniziati nel 1875, e menati a termine nel 1877.

Al Marziani (morto nel 1878) successe il Canonico D. Nicola Troja, coadiuvato dal Sacerdote D. Gerardo Magno, i quali continuarono a mantenere, con maggior zelo, la devozione alla Madonna dell’Altomare, e fecero, di quel tempio, un vero Santuario.

Ingrandita di molto la Chiesa sotterranea, fecero poi costruire una Cappella superiore, che venne dedicata a S. Giuseppe.

Questa nuova Chiesa, dovuta alla perizia del valente architetto Beniamino Margiotta - Gramsci di Andria, forma oggi l’ammirazione di paesani e forestieri, specialmente per la profondità del suolo, in cui è sita, a distanza di molti metri dal piano della strada, che le sovrastà.

Questa Chiesa ha un pregevole altare di marmo, costruito a spese del Canonico D. Gerardo Magno, ed è arricchita di parecchi affreschi, di arredi sacri, di suppellettili, di statue ed altro.

Per la costruzione della nuova Chiesa, si ridestò l’antica devozione alla Immagine della Vergine d’Altomare, che, dal muro dell’antica Cappella, venne distaccata, e sita sul muro della nuova Chiesa, a ridosso dell’altare maggiore. E tale devozione non si limita ora ai soli cittadini andriesi, ma si estende pure ai paesi della Provincia, ed anche più lontani, specialmente fra la gente di mare, che numerosa accorre in Andria, massimamente nel dì della festività di Maria d’Altomare (che si celebra il terzo giorno di Pentecoste), per testimoniare alla Vergine la loro riconoscenza, protegendoli negl’infortunii del mare.

Nel 1899, correndo il terzo centenario della Invenzione di quella prodigiosa Immagine, i due zelantissimi Cappellani, l’Arcidiacono Mons. D. Nicola Troja ed il Primicerio Mons. D. Gerardo Magno, ambidue del Capitolo Cattedrale, coadiuvati delle pratiche efficacissime fatte in Roma da Mons. D. Lorenzo Chieppa (allora uditore della Congregazione del Concilio, poi Vescovo di Cariati ed ora di Lucera), una coi Gesuiti P. Gaetano Zocchi e P. Vincenzo Savarese, scrittori della Civiltà Cattolica, ottennero dal Rev.mo Capitolo di S. Pietro in Vaticano il permesso di poter incoronare la detta immagine di Maria dell’Altomare.

A rendere più solenne e memorabile tale Incoronazione, venne invitato l’Eminentissimo Cardinal Serafino Cretoni di Roma, cui fecero corona gli Eccellentissimi Arcivescovi Mons. Giulio Vaccaro di Bari e Mons. Tommaso De Stefano di Trani, oltre a Mons. Stefano Porro, Vescovo titolare di Cesaropoli e Canonico Priore del Capitolo Cattedrale, ed altri Prelati minori. Questa Incoronazione ebbe luogo il dì 3 Settembre 1899, coll’intervento del Capitolo Cattedrale, delle due Collegiate (S. Nicola e l’Annunziata), dell’Amministrazione Comunale e di un popolo immenso di cittadini e forestieri d’ogni ceto, celebrandovi solenne pontificale l’Eminentissimo Cretoni, assistito dal Capitolo Cattradrale.

A scopo d’eternare la memoria di questo sollennisssimo rito, nella Cappella di S. Riccardo non solo fù sospeso il ritratto fatto in Roma dell’Em.mo Cardinale Cretoni, ma pure fù messa una lapide con la seguente iscrizione:

Nel 1901 l’altare maggiore della Chiesa dell’Altomare, da Papa Leone XIII, con breve del 20 aprile, veniva dichiarato privilegiato. Con altro breve del 22 di detto mese ed anno, dal medesimo Papa venne concessa l’Indulgenza Plenaria, da lucrarsi, nel corso dell’anno, da chiunque, confessato e comunicato, si recasse a visitare detto Santuario, e pregasse la Vergine per la esaltazione della Chiesa Cattolica, per la concordia dei Principi cristiani, e per la conversione dei peccatori.

La notte del 14 Luglio 1910, la Immagine di Maria dell’Altomare, da mano sacrilega, veniva derubata della Corona, del libro d’argento e della Croce di oro, che aveva in mano, regalata da Mons. Porro Vesc. titol. di Cesaropoli, e di una collana anche d’oro. Il benemerito Mons. Troja, Arcidiacono della Cattedrale, ed il Mansionario D. Riccardo Di Gioia (che sostituì il defunto Primicerio Mons. Magno) si dettero a raccogliere le offerte dai devoti di Maria, ed in breve tempo quella Immagine fu solennemente riadornata degli oggetti (dei quali era stata spogliata), per mano di Mons. D. Giuseppe Staiti, assistito dal Capitolo e da molti divoti, che accorsero alla ripetizione della solennità del 3 Settembre 1899, eseguita nella Domenica del 20 Ottobre 1910.