Davanti all'affresco del Cristo, luce del mondo, sorge un'ara, essenziale: un'unica pietra massiccia rettangolare su una colonna svasata a plinto alla base.
Al momento in cui la cripta fu ripulita dalla sua funzione di ossario e deposito di reperti scultorei l'altare si presentava così come mostra la foto del 1904; l'affresco del Cristo è nascosto dietro un arco - contrafforte di sostegno e rinforzo della volta.
Le fughe in pietra chiara dei muri perimetrali spingono lo sguardo a
mirare il fulcro dominante dell'insieme: il luogo del sacrificio,
la mensa altare e, incombente su di
essa, a garanzia e sigillo di fede,
l'affresco del Cristo Pantocratore.
Il dipinto era in piccola parte visibile prima degli scavi del 1904, perché
quasi completamente nascosto dietro le strutture tufacee di rinforzo
della volta aggiunte probabilmente quando fu edificato il presbiterio
della chiesa superiore sovrastante la cripta.
Su detto rinforzo posto davanti all'affresco del Cristo e poggiante sull'altare l'Haseloff vede
resti di un dipinto di epoca evidentemente successiva raffigurante una Madonna in trono.
Nel testo citato, “
La chiesa inferiore del Duomo di Andria”, l'architetto scrive:
L’immagine principale si trovava apparentemente di nuovo davanti al pilastro (rinforzato) dell’altare: almeno credo di vedere lì i resti di una Madonna in trono, che, significativamente, aveva preso il posto dell’immagine di Cristo. Sembra che siano stati conservati pezzi del mantello rosso che scorreva sopra la testa e le spalle, così come il trono decorato con viticci che fungeva da seggio di Maria. La base era blu con un bordo rosso.
Pur il pilastro retrostante la mensa è in pietra chiara, tutto, luminoso, finché c'è l'affresco, e poi attenua il suo chiarore nelle tinte pastello della volta.
Davanti all'altare si apre una cisterna alquanto profonda, nella quale convergono due asimmetriche canalizzazioni laterali, provenienti, presumibilmente, dal tetto della chiesetta, quand'essa non era stata ancora trasformata in cripta.
Alcuni studiosi (come il Bernich, nella sua relazione sulla cripta) pensano fosse utilizzata per l'acqua lustrale.