Il presbiterio e l'abside, semicircolare, si presentano austeri nelle loro linee architettoniche: non vi sono stucchi né altri fregi propri del settecento barocco.
La Chiesa è da molto tempo sconsacrata e adibita per adunanze e manifestazioni culturali.
Da qualche anno la Diocesi ha ceduto la Chiesa in comodato d'uso all'associazione andriese di Italia Nostra (come evidenzia la scritta davanti al tavolo).
L'altare, smontato, è stato utilizzato in altro luogo sacro; al suo posto è collocato un semplice tavolo per conferenze. Il 18 marzo del 1948 Monsignor G. Di Donna aveva consacrato l'altare maggiore a Maria Immacolata, come leggesi in una lapide affissa sulla parete sinistra.
"L'altare maggiore splende di plastica marmorata a varii colori, avendo nel paliotto chiusa in cristallo la statua di S. Filomena, con veste di raso rosso e sopraveste azzurra, ricamata in oro ed argento, oltre il manto di velo finissimo, coronato con serto d'argento sulla bionda chioma. Giace trafitta sopra il serico letto.
Le di lei fattezze per naturalezza, leggiadria, espressione sono tali che estinta gli occupi un dolce sopore. Non mancano dei voti in oro, argento e cera."
[tratto da "Andria sacra" di G. Borsella, tipi F. Rossignoli, Andria, 1918, p. 288]
Dietro l'altare l'occhio del fedele era attratto dal luminoso quadro dell'Immacolata, attualmente affisso nel transetto della Cattedrale. In alto l'abside si apre ad un vasto coro, donde un tempo scendevano nella navata le melodie del gregoriano accompagnate dalla voce dell'organo.
Dal retrostante disimpegno, attraverso una botola, si può accedere ad un sotterraneo, utilizzato un tempo per la sepoltura delle suore(?) che operavano nel conservatorio. Ancora oggi (10/2020) possono osservarsi resti ti casse mortuarie e ossa di defunti sparsi nel luogo.
Dallo stesso disimpegno s'inerpica una scala che porta alla superiore cantoria;
da essa, per una porta ci accedeva nell'attiguo Conservatorio, quando quest'ultimo era funzionante,
e al campanile a vela eretto a destra dell'abside sul terrazzo di detto adiacente conservatorio.
Le sottostanti immagini, una ripresa di Google maps e un disegno del progetto di restauro dell'arch. Antonio Quagliarella e dell'ing. Riccardo Ruotolo,
mostrano il campaniletto con la sua campana.