Umile l'interno, come annunciato dal dimesso ingresso, ma molto elegante negli archi a sesto acuto e nelle cupolette, di cui una con piccola lanterna. L'insieme è molto simile alla chiesetta di S. Bartolomeo, se si eccettua il materiale utilizzato per parte delle volte, conci di cotto al posto dei tufi in calcarenile.
Su tre piccoli vani si estende l'angusta chiesetta: una navatina per pochi fedeli e, rialzata di un grado e divisa da un arco a sesto acuto, l'absidiola con l'altare del sacrificio eucaristico, sul quale è collocata una nicchia lignea con la statua di S. Chiara, titolare di questa Chiesetta e del convento che un tempo, fino al Cinquecento, l'inglobava.
Sulle pareti laterali sono appese e conservate alcune delle grandi Croci portate in processione il Venerdì Santo.
La presenza di impalcature, in una delle immagini, evidenzia che la foto è stata scattata mentre erano in corso alcuni lavori di restauro, a cura della Pia Associazione Crociferi nel 2003, [foto del restauro in corso di M. Melillo]. Come può osservarsi, prima del restauro uno spesso intonaco dipinto mascherava l'antica struttura in pietra di Trani dei muri portanti ed i conci in calcarenile nelle volte.
Il foro nel soffitto fa pensare a una piccola lanterna che desse aria e luce all'angusta navata, priva di finestre laterali.
Sotto l'ingiallita imbiancatura dell'intonaco si intravedevano, prima del restauro, affrescature precedenti, di cui erano da verificare qualità ed epoca.