Gli storici dell'Ottocento non parlano degli affreschi che ornano la volta, nonostante siano stati realizzati, probabilmente, col reastauro del 1886.
Il Merra ai primi del Novecento, descrivendo l'interno ammodernato intorno alla metà del Settecento, in merito alla volta scrive semplicemente:
"La vôlta, che ripercuote le supplichevoli melodie dei sacerdoti dell’Invisibile, disposate alle armonie dell’organo, addivenne assai più sfogata e fu tutta abbellita di elegantissimi lavori a stucco in grandi rilievi, di fiori, di foglie, di angeli, di graziosi finimenti. Nel mezzo si vede lo Spirito Santo in forma di candida colomba, fra nubi, e serafini, e raggi dorati; mentre sul frontone dell’arco di sublime altezza del presbitero, quattro grandi angeli in mezzo alle nuvole sostengono lo stemma francescano."
[E. Merra, La chiesa di San Francesco in " Monografie Andriesi", Tipografia e Libreria Pontificia Mareggiani, Bologna, 1906, Vol I, pagg. 335-382]
"Guardando, ora, al controsoffitto, si notano dipinti che narrano la vita di S. Francesco: sul finestrone del portale, vi è una vetrata del 1966 che presenta S. Francesco che sostiene la Chiesa, con a destra il sogno di Papa Innocenzo III e a sinistra la città di Assisi.
Sulla volta in successione: S. Francesco morente, circondato dai suoi frati; S. Francesco taglia i capelli a S. Chiara; S. Francesco e il lupo; S. Francesco riceve le stimmate. Gli affreschi risalirebbero al restauro del 1886.
Al centro del controsoffitto domina, in stucco, lo Spirito Santo, in forma di colomba, circondato da un coro di Angeli; mentre sull'arco presbiterale spicca lo stemma francescano (le braccia incrociate di Cristo e di S. Francesco), sostenuto da due angeli."
[tratto da "San Francesco - Santa Maria Vetere", di Pietro Petrarolo, Sveva Editrice, Andria, 2004, pag. 25]
La volta oggi visibile, con il controsoffitto realizzato mediante incannucciata intonacata e decorata a stucchi, è quella terminata di edificare nel 1752, con le inevitabili lievi(?) modifiche apportate dai vari restauri avvenuti nel tempo.
La prima chiesa invece, come abbiamo detto nella pagina relativa alla sua iniziale struttura, era più bassa, dotata di sei finestre ogivali, tre per lato, e coperta da un istoriato soffitto ligneo.
"... L'intero apparato ligneo [del sottotetto della chiesa di San Francesco] è rimasto nella sede originaria senza subire sostituzioni sino al momento del restauro dell'intera copertura della chiesa. È probabile, però, che qualche spostamento sia stato operato al tempo della costruzione della volta a incannucciata. Come ricorda Don Antonio Basile, che sovrintendeva i lavori della rimozione del controsoffitto, alcune travi non riportavano la numerazione progressiva.Di queste sopravvivono numerosi segmenti, preclusi allo sguardo di possibili visitatori, per l'inaccessibilità del luogo pubblico.L'insieme del soffitto ligneo a capriate dipinte, unico esistito in Andria, è stato visibile nella sua interezza per quattro secoli. Tanto è stato il tempo trascorso dalla costruzione della chiesa alla sua successiva trasformazione. Un ammodernamento dettato dai canoni dell'arte barocca costruì i nuovi luoghi sacri con criteri di arte innovativa che trasformò le chiese medioevali con stucchi, dorature, fregi e angeli, interessando anche la nostra chiesa.... L'attenta cura al loro patrimonio i religiosi l'anno dimostrata con i continui lavori di restauro effettuati nel tempo per la sua conservazione. in epoca moderna l'ultimo intervento datato 1987-1991, vide la rimozione dell'apparato ligneo del sottotetto dalla collocazione originaria, sostituito da nuove capriate in acciaio. Ormai il tempo aveva creato danni alla natura del legno: le travi non reggevano più il peso del tetto che, cedendo, favoriva le infiltrazioni d'acqua piovana, e si rendeva pericolante. ...... Furono così [col restauro] salvati 52 segmenti [di travi legnee dipinte] di cui 41 grandi e lineari, un unico esemplare di piccole dimensioni e 5 ad incastro. ... I disegni, presenti sopra uno o più lati, poiché ripetitivi tra loro ad eccezione delle figure umane unici esemplari, sono stati tutti documentati.Le immagini, realizzate direttamente sul legno con colori a tempera privi di imprimitura, non hanno subito alcun intervento di restauro. ... Le tonalità cromatiche, purtroppo scolorite, mostrano al naturale diverse combinazioni di bianco, arancione, ruggine, azzurro-verde, nero e marrone. Un unico frammento ligneo conserva la brillantezza dei colori sopra descritti [nei disegni vegetali e geometrici].... I soggetti rappresentati riportano figure umane in numero esiguo; numerosi, invece, sono i disegni floreali e geometrici. Fasce a zig-zag di solo colore nero si alternano a piccoli e a grandi fiori a tre e a cinque petali. Semplici foglie, foglie palmate con cinque punte lobate, sfere, alzatine con foglie e sfere pendenti, medaglioni con volute, stelle a quattro e a otto punte, singole o concatenate, si sono ripetute sulle travi.Ricca la presenza dei labirinti con disegni a croce, a cerchi, lineari: questi, dato il luogo sacro della loro applicazione, indicano il percorso per giungere alla perfezione divina, tema esistente nelle diverse religioni.... Le decorazioni, ripetitive tra loro, riproducono anche immagini di alcuni animali fantastici e animali reali. I primi, come era in uso nel Bestiario delle Cattedrali medioevali, avevano funzione di ornamento e di diffusione tra i fedeli dell'insegnamento cristiano. Li ritroviamo sui portali e sulle facciate delle chiese. Questi animali non avevano una precisa anatomia, composti come erano da elementi di diverse specie, ma erano rispondenti al tema allegorico del Bene e del Male, in un mondo in cui tutto era affidato all'immagine.Degli animali reali sono visibili serpenti, lupi e alcune specie di uccelli quali l'aquila, l'anatra, la testa di un rapace. Questi ultimi per il luogo in cui sono applicati possono evocare visioni demoniache o di pace paradisiaca.... Ma, tra i numerosi decori, il disegno più importante riporta la figura di San Francesco eseguito sopra quella che, forse, e stata la trave più in vista nella chiesa.Sopra un segmento ligneo compare l'immagine del Santo di Assisi in compagnia di due devoti, un uomo e una donna, ai quali mostra le stimmate delle sue mani.
A quella visione essi si genuflettono e si protendono con un'espressione di stupore sui volti, che trasforma l'incontro in un abbraccio di grande afflato. Il volto di san Francesco, dai grandi occhi neri e dalle guance dalla colorazione rosata incorniciate da una corta barba nera, è soffuso di dolcezza e di serenità. La nuca, su cui la tonsura lascia libera una fascia di capelli, anch'essi neri, è circondata dall'aureola.... I devoti indossano gli abiti secondo i dettami della moda del tempo: lunghe tuniche color marrone con una piccola bordura quadrettata ai polsi di colore chiaro e cuffie calate sulla testa, di colore bianco per la donna e di colore scuro per l'uomo, che lasciano intravedere i capelli. ... Ai lati delle figure umane vi è la presenza di animali fantastici, i caproni, e animali reali, i serpenti.... L'intera scena trasmette emozione. Essa rispecchia un momento della vita del poverello di Assisi di grande bellezza, in funzione del messaggio di amore e della divulgazione del Cristianesimo tra i popoli, di cui egli fece la sua ragione di vita. La conferma di questo ideale è data dalla presenza di animali, personificazione di Satana che, sconfitti e furiosi, fuggono alla vista del Santo che attrae a sé i devoti, già loro preda."
[tratto da "Le travi dipinte della Chiesa di S.Francesco di Andria", di Beatrice Andriano Cestari, Rotas, Barletta, 2004, Collana I Tesori Comune di Andria Biblioteca Comunale di Andria, pagg. 27-36]