L'ampia navata traversa che precede le tre absidi, ossia il cappellone centrale e le due cappelle laterali del Sacro Cuore e dell'Addolorata, può essere considerato il transetto di questo santuario pur non determinandogli una struttura a croce; ha una porticina di uscita laterale nella parete sinistra, ed è luogo privilegiato di culto essendo prossimo all'altare maggiore e alle due cappelle di più intenso raccoglimento e preghiera.
[Statua lignea di S. Giuseppe, tomba di mons. Riccardo Ruotolo, edicola di S. Francesco di Paola - foto (non nella stessa scala) di Sabino Di Tommaso - 10/2013]
Presso la porta laterale della parete sinistra è innalzata una statua di San Giuseppe in legno Ortisei, fatta realizzare da P. Giuseppe Civerra, per lunghi anni solerte rettore di questo santuario, sacerdote della Congregazione Deoniana del Sacro Cuore di Gesù, dalla quale questo edificio sacro è tuttora curato con molta dedizione.
Sulla stessa parete, presso la cappella dell'Addolorata sono affissi in altorilievo il busto e lo stemma di Mons. Riccardo Ruotolo, vescovo di Manfredonia, Vieste e S. Giovanni Rotondo, sepolto nel pavimento sotto la balaustra della suddetta cappella.
Sulla parete destra in una cornice marmorea a intarsio policromo è inserita una immagine di S. Francesco da Paola con la scritta: Vera imago S. Francisci de Paula quam Ferdinandus I° Rex ope optimi / Pictoris fieri curavit dum Sanctus aetatem annorum sexaginta affingebat. In calce alla cornice è inciso il nome del Canonico offerente (o meno probabilmente del Santo), il devoto offerente l'icona e l'anno: FRANCISCUS P. CAN. TANNOIA / CURAVIT / MCMX.
[altre foto della zona presbiteriale - elab. elettr. su foto di Sabino Di Tommaso - 10/2013]
Nello spazio antistante il cappellone del SS. Salvatore nelle varie ricorrenze religiosamente importanti vengono esposte alla devozione i relativi sacri simulacri, come possiamo osservare nelle immagini su riprodotte, nelle quali è esposta alla preghiera la statua dell'Immacolata di Lourdes, in occasione della "Settimana della Fede con S. Bernadetta", avvenuta nell'ottobre del 2013.