L'affresco della Crocifissione è deturpato dalla eliminazione del busto della Madonna: al suo posto emerge, contrastante nei colori, nelle linee prospettiche e concettuali, quello di un Santo Vescovo.
La composizione d'insieme di questa Crocifissione doveva essere molto gradevole e organica. Classicamente si poteva ammirare Gesù Cristo crocifisso tra la Madre addolorata e l'evangelista Giovanni. Maria a destra del figlio Gesù come simbolo della Chiesa, e a sinistra l'Apostolo, simbolo dell'intera Umanità, nonché testimone delle Sacre Scritture.
Della Madonna si riconosce l'abito scuro, delicatamente ornato in alcune pieghe e lembi, mosso leggermente nelle linee, quasi intenda comunicare gli intimi e repressi fremiti dell'immenso sacrificio di Madre addolorata.
Il diafano velo sulle esangui gambe e il basso ventre, increspato in sovrabbondanti composte pieghe, media l'attesa del devoto di ritrovare nella vittima innalzata sul colle sia l'Uomo che il Dio.
E muore in chi il rimira ogni voglia di vendetta, desideri di conquista, di sfrenare i sensi in intense fugaci gioie; emergono convinti e impetuosi afflati di pace, emozioni sublimi per il fratello che soffre, e donarsi per un mondo che rinasca alla Luce.
Contrasta la serenità del viso con la profondità delle piaghe diffuse un po' in tutto il corpo, con lo squarcio nel costato grondante copioso sangue, già in parte raggrumato, la fermezza di compiere la volontà del Padre.
Purtroppo il tempo ci ha oscurato i suoi occhi ad ogni nostra ricerca di ulteriori messaggi di pace e perdono.
Da un confronto con la crocifissione che trovasi nella cripta di Cristo Misericordia, appare ad essa coeva per le tecniche figurative utilizzate.
Risaltano subito, anche all'occhio inesperto che tuttavia osserva con attenzione, molte affinità tra i due affreschi: identici il colore e le venature del legno della croce, uguale lo sfondo blu scuro, coincidenti la posizione del capo del Cristo e le linee della sua muscolatura; una nota diversa si individua nelle numerose macchiettature di sangue presenti solo nell'affresco di Cristo di Misericordia, ma, a prima vista, queste appaino posticce, casuali ed esagerate, come un aggiunta successiva alla prima esecuzione dell'opera.
Non è infine fuori luogo operare anche un confronto tra le varie crocifissioni affrescate nelle cripte rupestri della città di Andria, per datarle nell'ideazione, negli eventuali restauri, radicali o conservativi.