Entrando nel prònao o vestibolo della cripta, in una nicchia a sinistra è affrescata una crocifissione, sull'arco d'ingresso alla navata centrale ci sono resti di un'Annunciazione (foto sotto), nel sott'arco sono affrescati, a sinistra San Leonardo di Noblat e a destra Santa Dorotea. Tra i pilastri si accede alle navate laterali, destra e sinistra. Sul fondo si intravede l'arco trionfale.
Gli ultimi restauri hanno portato alla luce diversi affreschi nascosti da muffe, efflorescenze dette "di salnitro" (in realtà sono macchie bianche di solfati, carbonati e bicarbonati di sodio, potassio, calcio o magnesio) o coperti da ridipinture.
Qui, nel prònao sono affiorati resti di una Annunciazione, che abbelliva la parte superiore dell'arco di accesso alla navata centrale; l'Angelo è quasi distrutto, mentre è in gran parte conservata l'Annunziata.
Maria è affrescata con le braccia incrociate sul petto in segno di sottomissione e accettazione del volere divino rivelatole dall'Angelo, il capo nimbato lievemente reclinato verso sinistra con gli occhi rivolti al messaggero.
Le mani molto affusolate e delicate, la dolcezza dei tratti del volto, il manto (μαφόριον) celeste (colore che qui esalta l'umanità di Maria) che in morbido panneggio scende sino ai piedi, danno un senso di manifesta gratitudine e di profonda meditazione. L'ambientazione in edicola e le braccia incrociate al petto, sullo stile del Beato Angelico, fanno annoverare questo affresco tra quelli d'ispirazione toscana e databile nel XV secolo.
Così descrive l'affresco il Prof. Giuseppe Brescia nel sotto citato testo del 1982:
"Quel che ancora si può scorgere e apprezzare e salvare sono, ora, i resti frammentati di una Annunciazione, sulla parete sovrastante l'arco dell'atrio, con angelo, a sinistra, la cui veste, i biondi capelli e le ali gialle sono su fondo rosso, e la Vergine, a destra, dalle braccia incrociate, e il manto il cui colore originario poteva essere azzurro, nella positura inginocchiata sotto un'edicola bianca profilata di nero."
[tratto da “Una politica di beni culturali in Andria”, di Giuseppe Brescia, in "ANDRIA FIDELIS - quaderni di storia andriese" di AA. VV. Tip. D. Guglielmi, Andria, 1982, pagg. 15-16]
Nell'altra pagina è ampiamente analizzata la crocifissione, affrescata nel piccolo fornice presente a sinistra di chi entra.